Krieg und Wiedereröffnung
Die Schauräume müssen ab 1943 auf Grund des Krieges geschlossen werden. In der Nacht vom 3. zum 4. Dezember 1943 wird das Museum durch einen Luftangriff leicht beschädigt. Vor der Bombardierung waren keine Bestände ausgelagert worden. Nach dieser Katastrophe setzt nun ein langer Weg der Bemühungen ein, um Standorte zu finden. Ausgelagert werden in der Folgezeit Sammlungsteile u. a. im Keller der Thomasschule und im Schloss Schönefeld. In der 3. Etage des Museums werden Räume in Anspruch genommen für eine Such- und Meldestelle für Evakuierte und Fliegergeschädigte.
Nach Kriegsende beginnt bereits im Mai 1945 die Rückführung der ausgelagerten Bestände. In weiten Teilen wird das Museum fremd genutzt. Als einziges Museum Leipzigs von Kriegseinwirkungen fast völlig verschont, wird es von der amerikanischen Besatzungsbehörde als Quartier genutzt.
Anfang Oktober 1945 ordnet die sowjetische Militär-Regierung an, dass die Museen ab 1. November wieder zu öffnen seien. Die eigentlichen Arbeiten der Instandsetzung des Museums beginnen erst im Juni 1946.
Da die anderen Museen weitgehend zerstört wurden, finden im Naturkundlichen Heimatmuseum bis Mitte 1946 auch Ausstellungen des Bildermuseums und Kunstgewerbe-Museums statt.
Als erstes Museum in Leipzig öffnet das Naturkundliche Heimatmuseum am 23. Februar 1947 seine neue Dauerausstellung wieder. Alle Räume sind nun wieder zugänglich.